يتمتع صندوق مواجهة الطوارئ الطبية، بالاستقلال المالي والإداري ، ويتبع رئيس مجلس الوزراء، وذلك وفقا لما هو منصوص عليه فى قانون إنشاء صندوق مواجهة الطوارئ الطبية، ويؤول إلى الصندوق أرصدة حساب صندوق صحة الأسرة المركزية بديوان عام وزارة الصحة والسكان، وأرصدة حساب صندوق دعم الدواء، وأرصدة حساب صندوق مشروع القضاء على قوائم الانتظار للمرضى.
ويهدف الصندوق إلى دعم وتمويل الخدمات الطبية المقدمة للمواطنين وكفالة استدامتها فى حالات الكوارث والطوارئ الطبية والأزمات والأوبئة .
ويتولى إدارة الصندوق كل من مجلس الأمناء ، مجلس الإدارة، المدير التنفيذى ، ويُشكل مجلس الأمناء برئاسة رئيس مجلس الوزراء ، وعضوية كل محافظ البنك المركزى المصرى ، وينوب عن الرئيس حال غيابه ، وزير الصحة والسكان، وزير المالية، وزير التعليم العالى والبحث العلمى ، وزير التضامن الاجتماعى ، وثلاثة أعضاء من الشخصيات العامة وذوى الخبرة ، يختارهم رئيس مجلس الوزراء، لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدة أخرى مماثلة ، ويصدر بتشكيل مجلس الأمناء قرار من رئيس مجلس الوزراء .
